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eTom user guide (Handling)

Erklärung zum user guide
In diesen Abschnitt werden die Hilfsmittel zur Erklärung der Steuerung und Handhabung von eTom erklärt:
Das Zeichen symbolisiert das Klicken mit der linken Maustaste
Das Zeichen symbolisiert das Klicken mit der rechten Maustaste.

Abbildung 1: "Baumstruktur" Abbildung 2: "Grafische Oberfläche"
Das linke Bild zeigt die Baumstruktur von eTom. Sie ist immer sichtbar auf der linken Seite des Programmfensters. Im rechten Bild sieht man die grafische Oberfläche. Diese befindet sich immer sichtbar auf der rechten Seite des von eTom.

Abbildung 3: "Menüleiste"
Das obere Bild zeigt die Menüleiste. Sie befindet sich immer sichtbar oberhalb der Baumstruktur.

eTom starten

Windows:

Um das Programm unter Windows zu starten, muss man die windows.bat Datei, welche im Programmordner liegt, ausführen.
Alternativ kann man eTom über die Konsole (Start  Ausführen  „cmd“) durch folgende Anweisungen starten:
eTom Programmverzeichnis (eTomWin) aufrufen  Befehl „java -jar eTom.jar“  Eingabe.
Um ein fehlerfreies Ausführen zu garantieren, wird die aktuelle Version von Java1 benötigt.

Linux:

Um das Programm unter einer Linux Distribution zu starten, müssen sie nach dem Entpacken des Programms die linux.sh ausführen.
Bitte überprüfen sie vor dem ersten Start, welche Java Version bei ihnen installiert ist. Dieses geht über das Kommando „Java -version“. Sollte z. B. das weitverbreitete „gcj“ installiert sein, müssen sie einen „absoluten Pfad“ zur Java 6 Version von Sun in der linux.sh einstellen. Dieses können sie mit jedem Editor (z. B. „gedit linux.sh“) tätigen. Es wird eine Java Version 1.6 oder höher benötigt.

eTom beenden

Menüleiste „File“  „Exit“  Dialog bestätigen mit „Yes“

Projekte

eTom wird standartmäßig mit einem Atom im Nullpunkt gestartet. Dieses dient allein dem korrekten Darstellen der grafischen Oberfläche. Es wird automatisch entfernt, wenn man ein neues Projekt startet oder ein vorhandenes Projekt öffnet.

Neues Projekt

Menüleiste „File“  „New Project“
Diese Anweisung löscht den kompletten Inhalt der Baumstruktur und der grafischen Oberfläche.

Projekt öffnen

Menüleiste „File“  „Open Project“
Es öffnet sich ein neues Fenster. Über dieses wird die gewünschte SML Dateien gewählt.

Projekt speichern

Menüleiste „File“  „Save Project“
Es öffnet sich ein neues Fenster. Über dieses wählt man den Zielort und den gewünschten Dateinamen. Nach Drücken des Speichern Buttons wird automatisch die aktuelle SML, NN, JJ und WW Datei im gewählten Verzeichnis abgelegt.

Dateien importieren

In eTom ist es möglich, bestimmte Dateiformate zu importieren. Die verschieden Formate werden hier kurz erklärt.

SML (Spin Molecule Language)

SML ist das eTom eigene Projektformat. Diese Datei wird erstellt, wenn man ein Projekt speichert und beinhaltet alle relevanten Projektdaten in einer XML Struktur.

SAF (Simple ASCII File)

Das SAF Format beinhaltet alle Koordinaten der Atome eines Moleküls.
Die 3 Koordinaten jedes Atoms stehen in je einer Zeile in der SAF Datei. Sie müssen in der Reihenfolge X, Y und Z mit Leerzeichen getrennt angegeben sein.

NN, JJ, WW Dateien

Das NN Format beinhaltet Angaben zu den Nachbarschaftsdefinitionen des Moleküls. Die JJ Datei zeigt eine Übersicht über die vergebenen Wechselwirkungen zwischen den Atomen und das WW Format beinhaltet die tatsächlichen Werte der Wechselwirkungen.
Beim Importieren einer SAF Datei wird immer im selben Verzeichnis nach NN, JJ und WW Dateien geschaut, welche den gleichen Dateinamen besitzen. Sind diese Daten vorhanden, werden sie ebenfalls importiert und dem Molekül zugewiesen.

PDB (Protein Data Bank)

Aus einer PDB Datei liest eTom nur die Koordinaten des Proteinmoleküls aus. Um weitere Information zu diesem Format einzusehen bitte auf den Link in der Fußnote achten.