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Allgemeines

Bei jeder wichtigen Änderung am Projekt, einem Molekül oder einem Atom sollte sich die Baumstruktur automatisch aktualisieren. Sollte dies nicht geschehen, bitte „Refresh“ Button am unteren Rand der Baumstruktur mit betätigen. Danach ist die Baumstruktur aktualisiert.

Oberfläche einfügen

Menüleiste „File“  „Extend …“  „New Surface“
Bevor die Oberfläche erscheint, muss noch die Breite (width), Länge (length) und Höhe (height) in Dialogform angegeben werden. Die Oberfläche erscheint 4 Einheiten unter dem Nullpunkt.

Moleküle einfügen

Um ein Molekül in eTom einzufügen muss dieses in Koordinatenform (SAF, PBD) oder als Projekt (SML) vorliegen.
Menüleiste „File“  „Extend …“  „Import File“
Es öffnet sich ein neues Fenster. Über dieses wählt man den Ort und die gewünschte Datei. Über den Dateityp lässt sich bestimmen, welches Dateiformat geöffnet werden soll.

Integrierte Moleküle einfügen

In eTom sind einige Moleküle vordefiniert. Diese lassen sich wie folgt öffnen.

Dodekaeder

Menüleiste „File“  „Extend …“  „Dodekaedron“

Bucky Ball

Menüleiste „File“  „Extend …“  „BuckyBall“

Moleküle als Klasse definieren

Die minimale Anforderung an eine Klasse, welche ein neues Moleküle darstellen soll, ist die Überladung der „generate“ Methode wenn man „Structure“ als Vaterklasse definiert hat. In der „generate“ Methode muss dann der Stack mit den entsprechenden Atomen gefüllt werden. Die Klassenvariable dafür heißt „atome“. Sollten sie einen anderen Konstruktor benötigen, wäre es wichtig, dass sie einen dementsprechenden Konstruktor der vererbenden Klasse nutzen. Diesen können sie mit dem Befehl „super()“ ausführen (entsprechende Parameter beachten). Wenn sie nach der „generate“ Methode nochmal die Atome verändern, ist ein erneutes, manuelles Aufrufen der einzelnen Methoden nötig.
Wenn ihre Klasse zusätzliche Informationen aus Dateien benötigt, nutzen sie bitte die „File“ Klasse als Vaterklasse. Diese ruft automatisch neben der „generate“ Methode auch noch die „readFile(String filename)“ Methode auf, welche dann überladen werden kann um die entsprechende Datei zu verarbeiten.

Moleküle bearbeiten

In diesem Punkt werden die Möglichkeiten zur Bearbeitung eines Moleküls erklärt. Das Bearbeiten der Moleküle ist nur über die Baumstruktur möglich.

Einstellungen

Baumstruktur auf den Molekülnamen  „Settings“
Zum Beenden der Einstellungen  „Exit“

Position des Moleküls verändern

Eingabe der 3 Koordinaten  „Save“
Hier lassen sich die X, Y und Z Koordinaten des jeweiligen Moleküls ändern.

Verbindungen zeichnen

„Draw Connections“  „Save“
Es werden Verbindungen zwischen den definierten Nachbarn gezeichnet.

Atom hinzufügen

Baumstruktur auf den Molekülnamen  „Add Atom“
Es öffnet sich ein Dialog in dem man beliebig viele Atome zu dem Molekül hinzufügen kann.
Hinzufügen: 3 Koordinaten eingeben  „Insert“
Beenden: „Exit“

Farbe setzen

Baumstruktur auf den Molekülnamen  „Set Color“  Farbe auswählen  „OK“

Abstand skalieren

Baumstruktur auf den Molekülnamen  „Set Scale“
Es öffnet sich ein Dialog. Dort ist es möglich, die Skalierung des Moleküls zu bestimmen. Zum Beenden „OK“

Molekül löschen

Baumstruktur auf den Molekülnamen  „Delete Mol“
Durch Bestätigen des Dialogs mit „Yes“ wird das gesamte Molekül aus dem Projekt gelöscht.

Nachbarschaften suchen

Baumstruktur auf den Molekülnamen  „Search Neighbours“
Diese Funktion definiert für jedes Atom die ihm am nächsten liegenden Atome zum Nachbarn.

Atome bearbeiten (Baumstruktur)

In diesem Punkt werden die Möglichkeiten zur Bearbeitung eines Atoms erklärt. Das Bearbeiten des Atoms ist über die Baumstruktur und die grafische Oberfläche möglich.

Einstellungen

Baumstruktur auf das Atom  „Settings“
Zum Beenden der Einstellungen  „Exit“

Position des Atoms verändern

Eingabe der 3 Koordinaten  „Save“
Hier lassen sich die X, Y und Z Koordinaten des jeweiligen Atoms verändern.

Atom löschen

Baumstruktur auf das Atom  „Delete Atom“
Durch Bestätigen des Dialogs mit „Yes“ wird das Atom aus dem Molekül und dem Projekt entfernt.

Atome bearbeiten (grafische Oberfläche)

Das Bearbeiten der Atome über die grafische Oberfläche findet genau nach denselben Regeln statt, wie das Bearbeiten über die Baumstruktur.
Das zu bearbeitende Atom wird möglichst in der Mitte mit angeklickt. Dann öffnet sich das entsprechende Menü.

Nachbarschaften

In eTom ist es möglich, Nachbarschaften zwischen den Atomen innerhalb und außerhalb eines Moleküls zu definieren.
Nachbarschaften können nur über die grafische Oberfläche bearbeitet werden.

Nachbarschaft zuweisen

Erstes Atom mit auf der grafischen Oberfläche auswählen  zweites Atom mit auf der grafischen Oberfläche markieren  „Define as neighbour“
Es wird eine beidseitige Nachbarschaft zwischen den beiden Atomen geschlossen.

Nachbarschaft lösen

Erstes Atom mit auf der grafischen Oberfläche auswählen  zweites Atom mit auf der grafischen Oberfläche markieren  „Release neighbourhood“
Die Nachbarschaft zwischen den beiden Atomen wird aufgelöst.

Wechselwirkungen

Zwischen benachbarten Atomen können in eTom Wechselwirkungen definiert und gespeichert werden.
ACHTUNG: Sollten die Atome noch keine Nachbarschaft bei der Definierung der Wechselwirkung besitzen, wird diese dann automatisch hinzugefügt.

Wechselwirkungen hinzufügen

Beide Atome mit auf der grafischen Oberfläche auswählen  zweites Atom um Menü zu öffnen „New Exchange Interaction“
Nach der Eingabe der Wechselwirkung in das Dialogfenster zum Beenden „OK“ .

Wechselwirkungen zuweisen

Beide Atome mit auf der grafischen Oberfläche auswählen  zweites Atom um Menü zu öffnen „New Exchange Interaction“
Nach der Auswahl der Wechselwirkung im Dialogfenster zum Beenden „OK“ .

ACHTUNG: Eine Wechselwirkung kann nur zugewiesen werden, wenn schon eine im Projekt vorhanden ist.

Wechselwirkung ändern

Baumstruktur auf die Wechselwirkung  „Change Exchange Interaction“
Nach Eingabe der neuen Wechselwirkung zum Beenden „OK“ .

Atome mit spezieller Wechselwirkung anzeigen

Anzeigen: Baumstruktur auf die Wechselwirkung  „Select All“
Nicht anzeigen: Baumstruktur auf die Wechselwirkung  „Unselect All“
Durch das Select All werden alle Atome, die die entsprechende Wechselwirkung besitzen farbig markiert. Nach der Auswahl der Unselect All Funktion werden diese farbigen Markierungen wieder entfernt.